Doktorandprojekt inom strukturbestämning av makromolekyler

Kemikum är, med cirka 200 anställda, en av de största institutionerna vid Naturvetenskapliga fakulteten vid Stockholms universitet.

En betydande del av undervisningsverksamheten sker på grundnivå med kurser inom grundläggande fysikalisk, oorganisk, organisk och analytisk kemi. Undervisningen på avancerad nivå fokuserar på masterprogrammen i hållbar kemi, organisk kemi och analytisk kemi.

Forskningsverksamhet vid institutionen omfattar främst studier av material, och inkluderar olika klasser av dessa såsom keramer, glas, porösa material och mjuka material. Projekten omfattar ofta syntes samt karaktärisering med olika metoder; röntgen, neutrondiffraktion, elektronmikroskopi, fasta tillståndet NMR och datormodellering av material med potential för olika tillämpningar. Forskningsaktiviteter inom analytisk kemi fokuserar på att utveckla avancerade analytiska tekniker för studier av organiska föreningar och biomolekyler. Mer information om oss finns här (https://www.su.se/institutionen-for-material-och-miljokemi/).

Projektbeskrivning

Projekttitel: Utveckling av metoder för nano-kristallina svampar genom att kombinera metall-organiska ramverk och 3D-elektrondiffraktion

Handledare (PI): Prof. Xiaodong Zou (huvudhandledare), Dr. Gerhard Hofer (biträdande handledare)

Att bestämma makromolekylers 3D-atomstrukturer är avgörande för att förstå deras biologiska funktioner och de kemiska processer de styr. Denna information är också avgörande för läkemedelsdesign. Röntgendiffraktion är fortfarande den primära metoden för strukturbestämning, men den kräver stora enkristaller. 3D-elektrondiffraktion (3D ED), även kallad MicroED, har visat sig vara en kraftfull teknik för att bestämma atomstrukturer från nano- och mikrokristaller som är för små för traditionella metoder. Dess betydelse uppmärksammades 2018, då den lyftes fram av Science som ett av årets tio stora genombrott (länk (https://vis.sciencemag.org/breakthrough2018/)). Nyligen utvecklade professor Zous grupp innovativa metoder för kristallisering av mikro- och nanokristaller av proteiner, samt arbetsflöden för seriell elektrondiffraktion (SerialED). Dessa arbetsflöden möjliggjorde automatiserad screening av tiotusentals kristaller per timme, vilket möjliggör högupplösta och högkvalitativa strukturanalyser av proteinkristaller. Framstegen har gjort det möjligt att noggrant bestämma atomlägen för ligander inom proteinmolekyler och analysera detaljerade protein-ligandinteraktioner. Dessa genombrott öppnar nya möjligheter för användning av elektrondiffraktion för strukturbaserad och fragmentbaserad läkemedelsdesign, vilket ger unika insikter och verktyg för läkemedelsutveckling.

Doktorandprojektet fokuserar på att tillämpa och vidareutveckla seriell elektrondiffraktionsmetod för att bestämma 3D-proteinstrukturer och studera protein-ligandinteraktioner.

Projektet kommer att innefatta:

• Optimera kristallisationsförhållanden för mikro- och nanokristaller.
• Testa och förbättra arbetsflöden för datainsamling och behandling för proteinstrukturanalys med SerialED.
• Utveckla strategier för ligandscreening med hög genomströmning för SerialED.
• Tillämpa dessa nya strategier för att studera protein-ligandinteraktioner och för att identifiera potentiella läkemedel.

Kandidaten kommer att samarbeta med biokemister, strukturbiologer och mjukvaruutvecklare vid Stockholms universitet, SciLifeLab och internationellt ledande laboratorier. Möjligheter finns att arbeta med ledande läkemedelsföretag såsom AstraZeneca.

Projektet finansieras av Vetenskapsrådet (VR) och Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse (KAW). Mer information om projektet och professor Xiaodong Zou finns på denna länk (https://kaw.wallenberg.org/en/research/revolutionary-close-ups-building-blocks-life) och professor här (https://www.su.se/profiles/xzou-1.187418).

Behörighetskrav

För att bli antagen till forskarutbildning krävs att den sökande har grundläggande och särskild behörighet. Behörigheten ska vara uppfylld senast sista ansökningsdag.

Grundläggande behörighet har du, om du avlagt examen på avancerad nivå, eller fullgjort kursfordringar om minst 240 högskolepoäng (hp), varav minst 60 hp på avancerad nivå, eller på annat sätt inom eller utom landet förvärvat i huvudsak motsvarande kunskaper.

Särskild behörighet beskrivs i denna länk (https://www.su.se/institutionen-for-material-och-miljokemi/forskning/b%C3%B6rja-forska).

Urval

Urval bland de sökande görs med hänsyn till förmågan att tillgodogöra sig utbildning på forskarnivå. Kriterier som används för att bedöma denna förmåga är:

• dokumenterade ämneskunskaper med relevans för forskningsområdet
• analytiskt och kreativt tänkande
• egen initiativförmåga
• självständighet
• samarbetsförmåga
• förmåga att uttrycka dig i tal och skrift på engelska.

Erfarenhet inom biokemi, strukturbiologi, kristallografi och/eller kryo-EM är meriterande.

Mer information finns på denna länk (https://medarbetare.su.se/vart-su/styrning/regelboken/utbildning/antagningsordning-for-utbildning-pa-forskarniva).

Om anställningen

Vi erbjuder en tidsbegränsad anställning som doktorand enligt 5 kap. högskoleförordningen (1993:100). Anställningstiden får inte vara längre än vad som motsvarar utbildning på forskarnivå på heltid under fyra år. Som doktorand ska du främst ägna dig åt din egen utbildning på forskarnivå, men i anställningen kan arbete med utbildning, forskning och administration ingå i begränsad omfattning (högst 20 %).

En ny anställning som doktorand gäller för högst ett år, anställningen förnyas därefter med högst två år i taget.

Stockholms universitet värnar om att vara en arbetsplats som är fri från diskriminering och ger lika rättigheter och möjligheter för alla.

Kontakt

Ytterligare information lämnas av professor Xiaodong Zou, [email protected] (mailto:[email protected]). Allmän information om arbetsplatsen, Kemikum vid Stockholms universitet, kan fås av prefekten, professor Niklas Hedin, [email protected] (mailto:[email protected]).

Ansökan

Du söker doktorandplatsen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret. Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett i enlighet med annonsen och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: denna länk (https://www.su.se/om-universitetet/jobba-p%C3%A5-su/att-s%C3%B6ka-en-anst%C3%A4llning).

Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.