Forskningledare för DarkTree-projektet

Det Svenska Naturhistoriska Museet är en statlig myndighet med uppdrag att främja kunskap, forskning och intresse för vår värld. Det är en framstående forskningsinstitution och Sveriges största museum. I mer än 200 år har museet samlat in prover och data samt bedrivit forskning om livet på jorden. Samlingarna innehåller mer än 11 miljoner växter, djur, svampar, miljöprover, mineraler och fossiler. All forskning och kunskap delas i utställningar, Cosmonova och i aktiviteter på museet och digitalt.

I avdelningen för bioinformatik och genetik använder vi informationsteknik och genetiska metoder för att studera biologisk mångfald och evolution. Vi söker nu en forskningsledare för DarkTree-projektet, finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Tjänsten kommer att placeras i forskargruppen ledd av professor Fredrik Ronquist (https://ronquistlab.github.io/ (https://ronquistlab.github.io/)), som fokuserar på datadriven forskning om insektmångfald och evolution.

ARBETSUPPGIFTER

Du kommer att arbeta inom ett mycket samarbetsvilligt, tvärvetenskapligt team med målet att fylla i de nuvarande luckorna i insektens livsträd med en kombination av genomsekvensering, datorsyn och probabilistisk maskininlärning. Vi kommer att använda ett unikt insektmaterial insamlat i Insect Biome Atlas-projektet (finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse) och LIFEPLAN-projektet (finansierat av Europeiska forskningsrådet), som omfattar cirka 50 000 Malaise-fällor som innehåller uppskattningsvis 50 miljoner insekter som representerar minst en miljon arter, varav de flesta är oidentifierade. Alla prover har tidigare indexerats med metabarcoding av det mitokondriella genen CO1, som vanligtvis används för artsidentifiering hos insekter.

Med hjälp av metabarcoding-informationen och det aktuella genombaserade livsträdet för insekter kommer vi systematiskt att välja ut prover av artsrika men dåligt kända grupper för genomsekvensering. Processen kommer att involvera datorassisterad manuell sortering av prover, individuell provkodning för att verifiera artsidentifieringen, och slutligen genomsekvensering och fylogenetisk inferens som syftar till att tillhandahålla en ryggrad inom de mörkaste regionerna i det nuvarande genombaserade insektens livsträd.

De resulterande data kommer att användas för att studera diversifieringen av insekter över tid, evolutionen av insektgenom och samspelet mellan insekter och deras symbionter. Vi kommer också att rikta in oss på metoder för förbättrad brusreduktion och taxonomisk annotering av metabarcoding-data. Projektet kommer att involvera metodutveckling i framkant av AI, datorsyn och probabilistisk maskininlärning. Projektet är ett samarbete mellan forskare vid Svenska Naturhistoriska Museet, KTH Kungliga Tekniska Högskolan och Linköpings universitet, och involverar även en rådgivande grupp bestående av ytterligare forskare från Sverige och utlandet.

Du kommer att vara ansvarig för att samordna och leda forskningsaktiviteter, från planering till publicering, särskilt forskning som involverar användning av DNA metabarcoding-data eller utveckling av förbättrade bearbetningstekniker för sådana data. Du kommer också att vara ansvarig för att stödja PIs i projektledning, inklusive budgetplanering, ekonomisk och resultatrapportering och andra projektadministrativa uppgifter. Arbetet kommer att involvera resor, organisering av projektmöten och informationsaktiviteter.

KVALIFIKATIONER

Vi söker en kandidat med doktorsexamen och postdoktoral forsknings erfarenhet inom DNA metabarcoding av insekter. Du bör ha en solid bakgrund och erfarenhet av DNA-barcoding, metabarcoding och genomsekvensering mer allmänt. Tidigare erfarenhet av projektledning eller samordning skulle vara meriterande. Arbetet kräver utmärkta färdigheter i skriftlig och muntlig kommunikation på engelska. Färdigheter i skriftlig och muntlig kommunikation på svenska skulle vara meriterande, liksom kunskap om insektmångfald.

Vi söker en kandidat med starka analytiska och kommunikativa färdigheter, och som är resultatinriktad.

ÖVRIGT

Detta är en tidsbegränsad anställning, för en period av fyra år från startdatum.

Vi främjar vår kunskap om den naturliga världen, vilket inspirerar till bättre vård av vår planet. Vår ambition är att de anställda vid Svenska Naturhistoriska Museet ska representera mångfalden i Sverige och vi välkomnar varje sökande.

Vi har beslutat om val för marknadsföring. Därför avböjer vi kontakt med försäljningsagenter, rekryteringswebbplatser och liknande.