Forskningledare för DarkTree-projektet

Det Svenska Naturhistoriska Museet är en statlig myndighet med uppdrag att främja kunskap, forskning och intresse för vår värld. Det är en framstående forskningsinstitution och Sveriges största museum. I mer än 200 år har museet samlat in prover och data samt bedrivit forskning om livet på jorden. Samlingarna innehåller mer än 11 miljoner växter, djur, svampar, miljöprover, mineraler och fossiler. All forskning och kunskap delas i utställningarna, Cosmonova och i aktiviteter på museet och digitalt.

I avdelningen för bioinformatik och genetik använder vi informationsteknik och genetiska metoder för att studera biologisk mångfald och evolution. Vi söker nu en forskningsledare för DarkTree-projektet, finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. Tjänsten kommer att placeras i forskargruppen ledd av professor Fredrik Ronquist (https://ronquistlab.github.io/ (https://ronquistlab.github.io/)), som fokuserar på datadriven forskning om insektmångfald och evolution.

I detta forskningsprojekt kommer du att arbeta inom ett mycket samarbetsvilligt, tvärvetenskapligt team med målet att fylla i de nuvarande luckorna i insektens livsträd med hjälp av en kombination av genomsekvensering, datorseende och probabilistisk maskininlärning. Vi kommer att använda ett unikt insektmaterial insamlat i Insect Biome Atlas-projektet (finansierat av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse) och LIFEPLAN-projektet (finansierat av Europeiska forskningsrådet), som omfattar cirka 50 000 Malaise-fällor med uppskattningsvis 50 miljoner insekter som representerar minst en miljon arter, varav de flesta är oidentifierade. Alla prover har tidigare indexerats med metabarcoding av det mitokondriella gen CO1, som vanligtvis används för artsidentifiering hos insekter.

ARBETSUPPGIFTER

Genom att använda metabarcoding-informationen och det nuvarande genombaserade livsträdet för insekter kommer vi systematiskt att plocka ut prover av artsrika men dåligt kända grupper för genomsekvensering. Processen kommer att involvera datorassisterad manuell sortering av prover, individuellt provbarcoding för att verifiera artsidentifieringen, och slutligen genomsekvensering och fylogenetisk inferens som syftar till att tillhandahålla en ryggrad inom de mörkaste regionerna i det nuvarande genombaserade insektlivsträdet.

De resulterande data kommer att användas för att studera diversifieringen av insekter över tid, evolutionen av insektgenom och samspelet mellan insekter och deras symbionter. Vi kommer också att rikta in oss på metoder för förbättrad brusreduktion och taxonomisk annotering av metabarcoding-data. Projektet kommer att involvera metodutveckling i framkant av AI, datorseende och probabilistisk maskininlärning. Projektet är ett samarbete mellan forskare vid Svenska Naturhistoriska Museet, KTH Kungliga Tekniska Högskolan och Linköpings universitet, och involverar även en rådgivande grupp bestående av ytterligare forskare från Sverige och utlandet.

Du kommer att ansvara för att sätta upp en högkapacitetspipeline för genomsammanställning och generering av lämpliga dataset för fylogenomisk analys. I samarbete med andra projektmedlemmar kommer du att hjälpa till att utveckla de evolutionära modellerna, felanalysteknikerna och maskininlärningsmetoderna som vi kommer att använda i den fylogenomiska analysen, placeringen av barcode-sekvenserna i detta genomiska ryggradsträd och bearbetningen av de råa metabarcoding-data. En viktig utmaning kommer att vara att skala upp probabilistiska maskininlärningstekniker så att de kan tillämpas på de stora dataset som vi kommer att generera i projektet. Målet är att generera 3 000 insektgenom som riktar sig mot mörka regioner i insektsträdet under projektperioden. Vi planerar att kombinera detta med upp till 2 000 genom som genererats av andra för att härleda det genomiska ryggradsträdet, som sedan kommer att dekoreras med minst 1 miljon barcode-sekvenser från Insect Biome Atlas och LIFEPLAN-projekten. Arbetet kommer att involvera resor, organisering av projektmöten och outreach-aktiviteter.

KVALIFIKATIONER

Vi söker en kandidat med doktorsexamen och postdoktoral forskningserfarenhet inom fylogenomik. Du bör ha en solid bakgrund inom bioinformatik, statistisk fylogenetik och jämförande genomik. Tidigare erfarenhet av att arbeta med denovo-sammanställningar och insekter skulle vara meriterande. Arbetet kräver utmärkta kunskaper i skriftlig och muntlig kommunikation på engelska. Kunskaper i skriftlig och muntlig kommunikation på svenska skulle vara meriterande.

Vi söker en kandidat med starka analytiska och kommunikativa färdigheter, och som är resultatinriktad.

ÖVRIGT

Detta är en tidsbegränsad anställning under en period av fyra år från startdatumet.

Vi främjar vår kunskap om den naturliga världen, vilket inspirerar till bättre omsorg om vår planet. Vår ambition är att de anställda vid Svenska Naturhistoriska Museet ska representera mångfalden i Sverige och vi välkomnar varje sökande.

Vi har beslutat om val för marknadsföring. Därför avböjer vi kontakt med försäljningsagenter, rekryteringssajter och liknande.