Postdoktor i proteomik och eukaryotisk evolution

Detta projekt är en del av ett ERC Consolidator-anslag (PlastidOrigin) som tilldelats Fabien Burki och syftar till att studera en av de mest omvälvande händelserna i eukaryoternas evolution – ursprunget till de fotosyntetiska organellerna (de primära plastiderna) i Archaeplastida.

Huvudsyftet med denna postdoktortjänst är att skapa en proteinatlas för varje organell hos utvalda rödalger och glaukofyter genom att använda helcellsbaserad spatial proteomik med hyperLOPIT-metoden. Genom att kombinera dessa data med verifierade proteom för andra arkeplastider, och genom att söka efter homologer i andra eukaryoter och prokaryoter, vill vi karakterisera ursprunget för plastidproteiner och storleken på de endosymbiotiska vs icke-endosymbiotiska plastidproteomfraktionerna bland arkaeplastiderna.

 

Arbetsuppgifter
Upprätthåll kunskap och arbetsflöde för att utföra proteomiska experiment i labbet. Använd hyperLOPIT på rödalger och glaukofyter. Var kontaktperson för kommunikation med masspektrometrifaciliteter. Utför rutinmässigt underhåll av cellkulturer. Utveckla cellulär transformation hos rödalger. Arbeta med högupplösta 3D-mikroskopidata, såsom FIB-SEM-data. Generera och analysera RNA-seq-data.. Odla rödalgkulturer och köra hyperLOPIT. Härleda den cellulära placeringen av protein med hjälp av maskininlärning. Analysera data i en plastidutvecklings context. Sprid resultat i lämpliga format, inklusive i ledande peer-reviewed publikationer och på konferenser. Utbildning av juniora gruppmedlemmar kan också ingå, liksom andra standarduppgifter relaterade till en forskargrupp.

Kvalifikationskrav

Vi söker dig som antingen har en examen (minimum PhD) inom relevant område såsom biologi, kemi eller motsvarande. Examen ska vara avlagd senast vid tidpunkten då anställningsbeslutet fattas. Främst bör den komma ifråga som har avlagt examen för högst tre år sedan. Vid beräkning av ramtiden om tre år är utgångspunkten sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl kan sådan examen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, etc.

Vi söker en entusiastisk person med viljan att dela och etablera en ny metodik i Burki-labbet. Den framgångsrika kandidaten ska att haha ett gedigen lista, lämpligt för hens karriärstadium, av högkvalitativa forskningspublikationer. Stor vikt läggs vid personliga egenskaper som hög motivation, planerings- och organisationsförmåga, problemlösning, stresshantering. Vi strävar efter att skapa en vänlig atmosfär bland teammedlemmar och andra anställda på arbetsplatsen, så en kollegial förmåga att arbeta som en del av ett team är nödvändig. För denna position är en beprövad erfarenhet av masspektrometri och proteomik absolut nödvändig, och måste demonstreras genom vetenskapliga publikationer inom dessa områden.

Den sökande bör också ha dokumenterade färdigheter i våtlabbtekniker, såsom molekylärbiologi (dvs. PCR, kloning, Western blot, SDS-PAGE, extraktioner av protein/DNA/RNA), cellulär transformation och cellodling. Tidigare erfarenhet av 3D-bildanalys, såsom FIB-SEM-data, kommer att betraktas som en värdefull merit. Utmärkta kunskaper i statistisk analys och bioinformatik (framför allt i R) krävs, och tidigare erfarenhet av R-paket för spatial proteomikanalys, såsom pRoloc, är mycket fördelaktigt. Förkunskaper om metoder för subcellulär fraktionering (med ultracentrifugering) och om hyperLOPIT eller LOPIT-DC kommer att ses som en stor tillgång. Ett starkt intresse för evolution och mikrobiella eukaryoter är en önskvärd egenskap hos kandidaterna. Kunskaper i engelska, både muntligt och skriftligt, är ett krav. Kandidaten bör vara villig att resa, för kortare (t.ex. konferens) eller längre perioder om utbildning är nödvändig.

Om anställningen
Anställningen är tidsbegränsad i 3 år enligt centralt kollektivavtal. Omfattningen är heltid. Tillträde 250201 eller enligt överenskommelse. Placeringsort: Uppsala

Upplysningar om anställningen lämnas av: Fabien Burki

Välkommen med din ansökan senast den 20 Januari 2025, UFV-PA 2024/4253.

Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla 7 600 anställda och 53 000 studenter som med nyfikenhet och engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser.

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba inom Uppsala universitet
https://uu.se/om-uu/jobba-hos-oss/

Anställningen kan komma att säkerhetsprövas. Vid säkerhetsprövning är en förutsättning för anställning att sökande blir godkänd.

Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.

Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.