Ledigt jobb: Forskare, samhällsvetenskap

Institutionen för husdjurens biovetenskaper

Vi söker en forskare för att förbereda framtida projekt inom genetisk grund för feralisering hos kycklingar

Om tjänsten

Vi söker en motiverad och engagerad forskare med kunskap om de genetiska konsekvenserna av feralisering och hur dessa processer kan påverka fenotypen hos förvildade och vilda kycklingar. Tjänsten innebär att arbeta med och leda ett projekt där du analyserar genomiska, transkriptomiska och metyleringsdata från förvildade fåglar hämtade från Hawaii och Bermuda. Syftet är att fastställa den genetiska grunden för feralisering, med särskilt fokus på kritiska regioners roll för fenotypisk variation.

En stor mängd 'single-cell'-data kommer även att analyseras för att förstå hur den genetiska basen för feralisering relaterar till skillnaderna som uppstår vid domesticering från ett vilt tillstånd. De identifierade regionerna och generna kommer därefter att användas för att skapa en transgen kyckling, med målet att omvandla en tam kyckling till en vild typ, som en del av ett pågående samarbete med Revive & Restore. Möjligheter till forskningsbesök utomlands kan förekomma.

Forskningen innebär bioinformatiskt arbete med storskaliga genomiska, transkriptomiska och metylomiska data, samt single-cell-analys.

Krav

Du måste inneha en doktorsexamen inom husdjursvetenskap, veterinärmedicin, naturvetenskap eller teknik. Dokumenterade goda kunskaper i skriftlig och muntlig engelska krävs. Projektet syftar till att utforska de evolutionära mekanismerna bakom feralisering och domesticering hos kycklingar.

Arbetet innebär analys av följande datatyper från förvildade kycklingpopulationer:

• WGS-data och RAD-seq-data (genomik)
• RNA-seq-data (transkriptomik)
• MeDIP-seq-data (metylomik)
• scRNA-seq- och scATAC-seq-data (single-cell omik)

Nödvändiga metoder och färdigheter inkluderar:

• Kvantifiering av genuttryck (bulk RNA-seq och scRNA-seq) och kromatisk tillgänglighet (scATAC-seq) i olika vävnader.
• Undersökning av differentiellt genuttryck (t.ex. med DESeq2 och EdgeR).
• Identifiering av förmodade selektiva svep med hjälp av flera metoder (SweepFinder2, SweeD, OmegaPlus, Rehh, Tajima’s D).
• Analys av homozygositet (ROH) och beräkning av inavelskoefficienter (F_ROH).
• Beräkning av populationsgenetiska mått (t.ex. heterozygositet, LD-kurva).
• Utförande av QTL-analyser (Quantitative Trait Loci) och GWAS (Genome-wide Association Study) för att identifiera samband mellan genotyper och morfologiska/beteendemässiga egenskaper (med MatrixEQTL och GEMMA), samt uttrycksmönster.

Bekantskap med olika versioner av kycklingens referensgenom, databehandling i högpresterande datormiljöer (HPC) som PDC och UPPMAX, samt avancerade programmeringskunskaper i R, Bash (Linux), Python, Matlab och Mathematica krävs.

Eftersom projektet är pågående är ovanstående färdigheter ett strikt krav, och endast kandidater som uppfyller alla krav kommer att beaktas. Vi lägger stor vikt vid personliga egenskaper såsom engagemang, samarbetsförmåga, analytisk förmåga, självständighet, initiativförmåga och organisationsförmåga.

Tjänsten tillfaller den kandidat som efter en kvalitativ bedömning bedöms bäst lämpad att utföra och utveckla projektuppgifterna samt bidra till en positiv utveckling av ämnesområdet. Språkkrav: Sökanden ska kunna skriva och kommunicera på engelska.

Om arbetsplatsen

Som forskare kommer du att arbeta på avdelningen för genetik, avel, biokemi och bioinformatik.

Institutionen för husdjurens biovetenskaper är en del av Fakulteten för veterinärmedicin och husdjursvetenskap och ansvarar för utbildning och forskning inom både grundläggande och tillämpade vetenskapliga områden. Dessa omfattar anatomi, fysiologi, biokemi, patologi, farmakologi, toxikologi, genetik, avel, immunologi, bakteriologi, virologi, parasitologi, epizootologi, komparativ medicin, livsmedelssäkerhet, bioinformatik och One Health.

Vår forskning spänner från produktionsdjur till sport- och sällskapsdjur, försöksdjur och vilda djur. Institutionens forskare arbetar i hela spektrumet från molekylära mekanismer och mikrobiologi till djurens struktur, funktion och beteende, och hur dessa påverkas av avel, fysisk aktivitet, skötsel, produktion, stress, miljöfaktorer och sjukdomar.

Mer information om institutionen/avdelningen: Länk till hemsida (https://www.slu.se/om-slu/organisation/institutioner/husdjurens-biovetenskaper/)

Läs mer om våra förmåner och hur det är att jobba vid SLU på slu.se (https://www.slu.se/om-slu/jobba-pa-slu/)

Placering: Uppsala, Ultuna

Anställningsform: Tillsvidareanställning. SLU kan komma att tillämpa provanställning.

Omfattning: 100%

Tillträde: Enligt överenskommelse.

Ansökan: Välkommen med din ansökan via ansökningsknappen nedan senast 2026-06-12.

Fackliga kontaktpersoner: Länk till fackliga kontaktpersoner (https://internt.slu.se/min-anstallning/facket/kontaktpersoner/)

Sveriges lantbruksuniversitet (SLU) har en nyckelroll i utvecklingen av ett hållbart liv, grundat i vetenskap och utbildning. Genom vårt fokus på samspelen mellan människa, djur och ekosystem samt ett ansvarsfullt brukande av naturresurserna bidrar vi till en hållbar samhällsutveckling och goda livsvillkor på vår planet. Huvudorter är Alnarp, Umeå och Uppsala, men verksamhet bedrivs också på forskningsstationer, försöksparker och utbildningsorter i hela landet. SLU har drygt 4 000 medarbetare, 6 000 studenter och forskarstuderande och en omsättning på över 4,5 miljarder kronor. Universitetet satsar på attraktiva miljöer på sina campusområden. Vi arbetar för en jämställd och inkluderande arbetsmiljö där öppna samtal mellan människor med olika erfarenheter lägger grunden för vetenskaplighet, kreativitet och utveckling. Vi välkomnar därför personer med olika bakgrunder och perspektiv att söka den aktuella anställningen.