Ledigt jobb: Biolog

Postdoktoral forskare inom datadriven dynamisk modellering

Zoologiska institutionen har cirka 80 anställda, inklusive forskare, doktorander och administrativ personal.

Forskning och utbildning vid institutionen sker i en internationell miljö och fokuserar på djurbiologi. Mer information om oss finns på: Zoologiska institutionen (https://www.zoologi.su.se).

SciLifeLab är en nationell forskningsinfrastruktur beläget på Campus Solna, där forskargrupper från Stockholms universitet, Kungliga Tekniska Högskolan och Karolinska Institutet bedriver internationellt framstående forskning inom livsvetenskaperna.

Projektbeskrivning

Anställningen kommer att vara knuten till biträdande lektor Lisandro Miloccos forskargrupp vid SciLifeLab och Zoologiska institutionen. Vår grupp fokuserar på att studera olika aspekter av utvecklingsförmåga (evolvability) – organismers förmåga att utvecklas. Vi är intresserade av att utveckla beräknings- och matematiska verktyg för att förstå och kvantifiera evolvability samt utforska dess potentiella tillämpningar.

Detta projekt utnyttjar den växande betydelsen av datadriven dynamisk modellering – från strömningsmekanik till ekosystemstudier – för att avslöja de utvecklingsregler som ligger bakom fenotypisk variation. De sökande kommer att utveckla och implementera en empirisk ram som använder data-driven algoritmer för att lära sig relationer mellan tidigare och framtida utvecklingstidpunkter från tidsserie-data.

Vi söker upp till två högt motiverade postdoktorala forskare för att arbeta med olika aspekter av detta tvärvetenskapliga projekt, som kombinerar evolutionär-utvecklingsbiologi, dynamiska system och maskininlärning.

Arbetsuppgifter

De sökanden kommer att leda utvecklingen och valideringen av datadrivna dynamiska modeller med hjälp av tidsserie-data från utvecklingsbanor. De huvudsakliga uppgifterna inkluderar:

• Utveckla en datadriven ram för att modellera utvecklingsregler. Sökanden kommer att implementera och utvärdera olika maskininlärningsalgoritmer för att identifiera den mest effektiva metoden med avseende på prediktionsnoggrannhet och datakrav.
• Testa algoritmen med simulerade data från olika beräkningsmodeller för utveckling, som modeller av tandutveckling och genregleringsnätverk.
• Tillämpa ramen på tillgängliga experimentella data och genomföra en metaanalys.

Behörighetskrav

Med postdoktor avses en arbetstagare som anställs i huvudsak för forskning och som har avlagt doktorsexamen eller har en utländsk examen som bedöms motsvara doktorsexamen.

Bedömningsgrunder

Examen ska vara avlagd senast då anställningsbeslutet fattas, dock högst tre år före sista ansökningsdag. Om det finns särskilda skäl, kan doktorsexamen ha avlagts tidigare. Med särskilda skäl avses ledighet på grund av sjukdom, föräldraledighet, förtroendeuppdrag inom fackliga organisationer, tjänstgöring inom totalförsvaret, eller andra liknande omständigheter samt klinisk tjänstgöring eller för ämnesområdet relevant tjänstgöring/uppdrag.

Doktorsexamen bör vara inom relevanta områden av biologi (t.ex. systembiologi, evolutionsbiologi, utvecklingsbiologi, beräkningsbiologi), fysik, matematik eller relaterade fält.

Vid tillsättningen kommer särskild vikt att fästas vid vetenskaplig skicklighet. Expertis inom följande tre områden kommer att betraktas som en fördel för anställningen:

• Evolutionär och utvecklingsbiologi: förståelse för begrepp såsom utvecklingsbias, utvecklingsbegränsningar och evolvabilitet; kunskap om metoder för automatiserad fenotypning under utveckling (t.ex. för gene expression och morfologi).
• Dynamiska system: kunskap om linjära och icke-linjära teorier om dynamiska system, inklusive differentialekvationer, simuleringstekniker, state space och input-output representationer, time delay embedding, och/eller tidsserieanalys från experimentella data.
• Machine learning: erfarenhet av algoritmer såsom nearest neighbor, simplex projection, recurrent neural networks, singular value decomposition och/eller autoencoders; erfarenhet av ramverk som TensorFlow eller PyTorch.

Urvalet bland de kvalificerade kandidaterna kommer att baseras på följande kriterier:

• Den sökandes dokumenterade kunskap och förmåga att bedriva forskning av hög kvalitet inom det beskrivna området (doktorandavhandling, publikationer).
• Förmåga till analytiskt och kreativt tänkande.
• Entusiasm, engagemang samt förmåga att arbeta både självständigt och i team.
• Drivkraft och självständighet.
• God skriftlig och muntlig kunskap i engelska.

Om anställningen

Anställningen avser heltid och gäller tills vidare, dock minst två år och högst tre år, med möjlighet till förlängning om det finns särskilda skäl. Tillträde enligt överenskommelse.

Kontakt

Upplysningar om anställningen lämnas av Lisandro Milocco, lisandro.milocco@zoologi.su.se (mailto:lisandro.milocco@zoologi.su.se).

Ansökan

Du söker anställningen via Stockholms universitets rekryteringssystem. Bifoga personligt brev som beskriver tidigare forskning och framtida forskningsintressen och mål (max. 2 sidor) och CV samt de bilagor som efterfrågas i ansökningsformuläret.

Du som sökande ansvarar för att ansökan är komplett och att den är universitetet tillhanda senast sista ansökningsdag.

Anvisningar för sökande finns på webbsidan: att söka en anställning (https://www.su.se/att-s%C3%B6ka-en-anst%C3%A4llning).

Stockholms universitet bidrar till det hållbara demokratiska samhällets utveckling genom kunskap, upplysning och sanningssökande.